La creació del Col·legi-Seminari de Corpus Christi està directament relacionada amb el gran esforç de renovació i reforma de l'Església Catòlica impulsat per la celebració de l'importantíssim Concili de Trento.

Aquesta necessària reforma era una aspiració secular de mestres espirituals, eclesiàstics i poble fidel, ardentment desitjada i reclamada pel Concili de Constança, que va aconseguir posar fi al trist Cisma de l'Església Occidental. El rebuig de la seua engegada va provocar el descoratjament general i les crítiques de molts sectors que van culminar amb la imposició violenta de les idees reformista de Martí Luter i el nou dolorós cisma protestant.
El Concili de Trento va proporcionar per fi les bases per a una reforma legítima i universal que es van encarregar de portar avant persones de gran talla humana i santedat com el Papa Pius V, Ignacio de Loyola, Felipe Neri, Teresa de Jesús i molts més entre els quals destaquen prelats com Francisco de Sales, Carlos Borromeo, Tomàs de Villanueva i Joan de Ribera.

Una vegada nomenat arquebisbe de València, Joan de Ribera, es va aplicar decididament a promoure les noves disposicions conciliars, que no eren acceptades per tots, sobre les bases establides amb gran esforç, pel seu antecessor, el sant arquebisbe Tomàs de Villanueva. Durant els quaranta anys del seu pontificat va desplegar en aquesta tasca gran zel i eficàcia i una energia només comparable a la seua saviesa i intel·ligència, que és la raó de la profunda petjada que va saber imprimir a l'Església que li havia sigut confiada. Aquesta petjada encara avui, després de segles, és clarament perceptible.

Com a bon bisbe, en emprendre aquesta tasca immensa de reforma, va comprendre la decisiva importància de comptar amb sacerdots adequadament preparats per a col·laborar amb ell, en l'establiment de les disposicions conciliessis i obtenir així els fruits que d'aquestes s'esperaven. Per açò, d'acord amb les recomanacions tridentines relatives a la formació dels sacerdots, va procurar la creació d'un seminari en el qual aquests pogueren adquirir la ciència i la devoció que es precisaven per a la tasca.

Com podria esperar-se de la seua sòlida formació acadèmica, aconseguida a Salamanca, aquest seminari va ser abans de res un Col·legi Major, alçat al costat mateix de la Universitat de València, on els seus col·legials aprenien filosofia i la teologia, però també i al mateix temps, un edifici que des del seu mateix sistema constructiu estava eficaçment dirigit a conformar la sensibilitat i la pietat dels quals ho habitaven. Bon coneixedor de les arts i de la seua cabdal importància formativa va saber envoltar-se dels millors artistes que va trobar i proporcionar a aquest Col·legi, al costat d'una esplèndida moderna arquitectura, les millors i les més belles obres d'art que va estar en la seua mà reunir.

El conjunt de les edificacions del Col·legi ocupa una poma sencera de planta lleugerament trapezoïdal i va ser alçat entre 1586-1604 per un equip d'obrers i picapedrers dirigits pel bisbe auxiliar Miguel d'Espinosa, que va saber interpretar amb encert els desitjos del fundador, i va contractar les parts més importants, claustre i capella amb el famós picapedrer Guillem del Rei.

La notable construcció que va resultar adquireix, per la seua modernitat i avantguardisme, un extraordinari interès tant en relació amb el que es construïa en la València de l'època com el conjunt de l'arquitectura del Renaixement a Espanya, on manifesta una plena assimilació de les novetats italianes difoses pels tractats arquitectònics.

La construcció es divideix en dues parts, perquè les dependències principals es distribueixen entorn d'un claustre, magnífic per les seues proporcions equilibrades i austera harmonia, mentre que les àrees de servei, amb l'elegant refetor, s'agrupen al voltant d'un pati alegre i assolellat en la part posterior. El claustre contractat amb Guillem del Rei en 1599 està compost fonamentalment amb un gran lot de columnes de marbre d'ordre toscà, portades de Gènova per a la Duquessa de Pastrana, a qui li les va comprar el sant fundador. Instal·lades formant dues galeries d'arcs de mig punt, cobertes per voltes d'arestes, configuren un espai únic, alhora solemne i íntim que, a més de servir d'esplèndid marc a les processons, determina la peculiar atmosfera de sòbria elegància i lluminosa serenitat del Col·legi.

Entorn d'aquest pati claustral es troben les dependències més importants: arxiu, administració, habitacions rectorals, sales d'estudi, l'aula on els seminaristes demostraven setmanalment els seus progressos als superiors i sobretot, al final de la grandiosa escala de pedra construïda per Francisco Figueroa i Joan Baixet entre 1599 i 1602, la riquíssima biblioteca del fundador, repleta de bells i valuosos llibres i adornada amb pintures i objectes preciosos. Conscient del poder de la bellesa com a via de coneixement i elevació espiritual, Joan de Ribera va voler a més proporcionar a l'edifici belles obres d'art; una selecció de les millors, procedent de les seues col·leccions i també de llegats posteriors es presenten ara en el Museu adaptat per l'arquitecte Carlos Soria en 1953, que es va ocupar també en 1955 de la instal·lació del colossal Arxiu de Protocols. El sant fundador va dotar també a aquesta casa d'unes minucioses i sàvies Constitucions, que amb mínimes reformes regulen encara avui amb eficàcia l'essencial de la vida del Col·legi i sobretot el culte sever i solemne de la seua capella.

Aquesta capella és, sens dubte, un dels elements més notables de la fundació i peça clau en el pla d'assimilació de les reformes conciliessis, ideat pel sant arquebisbe. En efecte, no solament es va acontentar amb una capella que atenguera a les necessitats dels col·legials, sinó que va voler establir un model renovat per a totes les esglésies de la seua diòcesi, que abasta des dels aspectes constructius i decoratius als culturals, antigament reservats a la Catedral. Per açò aquesta capella, amb rang d'església semipública, està dotada fins i tot de campanar que va servir d'exemple durant segles amb lleugeres variacions i d'una administració i personal autònoms del Col·legi.

La seua mateixa construcció resulta nova en el plànol de l'arquitectura eclesiàstica local en la seua època. En planta proposa, enfront de la tradicional nau única amb capelles de les parroquials valencianes, l'adopció d'un sistema de creu llatina adaptada, reservat abans a les grans basíliques i catedrals i que expressa clarament la configuració de l'edifici com una materialització del Cos Místic el cap del qual, Crist, està representada pel presbiteri, mentre els fidels ocupen la resta.

L'arquitectura ofereix novetats, com l'articulació a força de pilastres amb capitells corintis i cornises clàssiques encara que manté el sistema de cobrir a força de nervis de tradició gòtica, però sorprén sobretot amb la construcció de la cúpula en la intersecció dels braços del creuer que servirà de models de moltes posteriors. Elevada sobre un alt tambor representa exteriorment el poder de Déu i evoca la muntanya de Sinaí, però interiorment la volta celeste suspesa sobre l'església que proporciona a través de les finestres del tambor i l'esvelta llanterna la radiant il·luminació del santuari on es desenvolupa la litúrgia divina. La Capella Major, d'acord amb les recomanacions del Concili de fer ben visible i acostar als fidels la celebració de la missa, sobreeleva l'altar i trasllada l'acostumat cor de les parroquials als peus del temple, en un àmbit elevat que fins llavors només era usual en les esglésies conventuals.

També l'esplèndida decoració pictòrica de la capella està penetrada de sentit. El sant fundador, excel·lent teòleg d'extensos coneixements bíblics i patrístics, va voler convertir-la en una homilia visual de manera que la detinguda i constant contemplació de les seues imatges poguera evocar continguts cada vegada més profunds i matisos cada vegada més subtils. No va fer en açò si no accepta la recomanació de Sant Ignacio de Loyola d'utilitzar els sentits corporals en benefici de la meditació i la pietat, d'una manera avalada per la tradició cristiana però tenyit del seu culte i refinat gust estètic. Així, les pintures al fresc, encarregades al genovès Bartolomé Matarana i els llenços dels altars componen un vast i interessant programa iconogràfic, l'espina dorsal del qual és la referència al misteri de l'Encarnació del Verb i la Redempció com a esdeveniment central de la Història.

Per açò, en el mur testera del cor veiem representat l'Anunci a Maria, contemplat des de la volta per l'Etern envoltat pel goig dels àngels. L'Encarnació es manifesta més clarament en el retaule major: en l'àtic amb el llenç del naixement de Crist de Ribalta i en el centre amb la pintura de la Institució de l'Eucaristia en l'Últim Sopar, després de la qual s'oculta l'escultura del Crucificat, doncs la missa celebrada per Crist no és sinó la prefiguració del sacrifici de Gòlgota que comporta. Al seu al voltant, els Apòstols i més clarament, flanquejant el retaule, Pere i Pau, columnes de l'única Església de Crist, i als costats els martiris de Sant Maure i Sant Andrés que completen, segons la recomanació paulina, el sacrifici de Crist i serveixen d'exemple als col·legials en la seua doble missió d'apòstols i testimonis.

Al capdamunt els Sants i Àngels adoren l'Eucaristia com a misteri d'Amor que es dóna en menjar per mitjà de la figura al·legòrica del pelicà: Eucaristia a la qual estan consagrats la Capella i el Col·legi, les lloances del qual de canten en les voltes i els murs de la nau per mitjà de figures angèliques amb atributs i inscripcions. En el creuer, destinat originalment als seminaristes, es completa el missatge que a ells es refereix amb l'exposició de les vides del diaca Vicent Màrtir i del prevere Vicent Ferrer i les al·legòries de les Virtuts Teologals i Cardinals de la volta.

En la cúpula, l'Eucaristia sembla prefigurada en l'Antic Testament pel pa del cel que arrepleguen els israelites del desert, lliçó que comunica a través dels profetes del tambor i els evangelistes neotestamentaris de les petxines amb l'Església viva de Jesucrist present en l'adoració del Sagrament, manifestant la continuïtat de la Revelació i la legitimitat de l'Església com a hereva de les promeses, i la participació dels Àngels i els Sants en la divina litúrgia.

Finalment, les cinc capelles, la major i les quatre laterals, són una refutació visual de les cinc crítiques més importants presentades pel protestantisme: la negació de la presència real de Crist en l'Eucaristia, afirmada i exaltada en la Capella Major; el rebuig del culte especial tributat a María, afirmat en la Capella principal del costat de l'Evangeli; la negació del culte als Santos i Àngels, afirmat en la capella frontera, dedicada a tots els Sants presidits per la Trinitat i en el retaule de la qual, abans dedicat a l’Àngel Custodi de València, avui reposen les restes de Sant Joan de Ribera; el menyspreu a les relíquies sagrades refutat en la Capella de Sant Vicent, que conserva la seua relíquia que el fundador va fer portar des de Vannes i en els murs del qual es reflecteix la imponent processó amb que es va commemorar la seua arribada a València i finalment la negació del Purgatori i del valor dels sufragis refutada en la capella frontera en la qual des de fa anys es va col·locar també el tabernacle eucarístic.